En tiempos del dominio español la iglesia era uno de los ejes de poder y sus propiedades así como riquezas eran de la iglesia nada más, esto cambió una vez Honduras se independizó de España al expropiarse los conventos a bien del Estado de Honduras, tal como nos lo cuenta La Otra Honduras.
De Conventos a sitios públicos
El 3 de noviembre de 1829 y a sólo 8 años de la separación de España, el Estado de Honduras dio un paso firme en contra del poder instituido de la iglesia al decretar que a partir de ese día los conventos quedarían en manos del Estado y sus espacios estarían bajo administración de las municipalidades, extinguiendo así el poder de las comunidades religiosas en Honduras.
Y fue precisamente ese decreto el que le permitió a la Universidad de Honduras establecerse primero en lo que fue el Convento San Francisco y luego tomar para sí lo que fuera el Convento La Merced.